Sars-Cov-2バリアント:イタリアではどの時点でシーケンスが行われていますか?数、問題、地域(多かれ少なかれ美徳…)



Sars-Cov-2バリアント:イタリアではどの時点でシーケンスが行われていますか?数、問題、地域(多かれ少なかれ美徳...)

Covid:突然変異とその結果として生じる変異を特定するには配列決定が不可欠ですが、イタリア(およびそれ以降)は依然としてウイルスの速度に追いついていないようです。ここにデータ、比較、コメントがあり、高潔な地域のランキングがあります

オミクロンは私たちに思い出させました:シーケンシングは新しい変異体を発見するために不可欠です、すなわち陽性の綿棒から得られたウイルスサンプルの遺伝的組成をシーケンシングします。

欧州疾病予防管理センター(Ecdc)および世界保健機関(WHO)は、タンポンの最小目標5%に設定することにより、各国が警戒を続け、管理を強化することをすでに提案していました望ましいでしょう。

しかし、努力はまだ十分ではありません。豊かな国と貧しい国の間には大きなギャップがありますが、ヨーロッパでも(まれな例外を除いて)それほど良くはありません。そしてイタリアは例外に含まれていません。

南アフリカでのオミクロンの発見

オミクロンの亜種は先週の木曜日に南アフリカで確認され、ウイルスサンプルの0.8%しかシーケンスされていません。また、コントロールの1%未満で、32の変異を持つバリアントが発見された場合も、戦略を本当に強化する必要があると考えられます。

世界のシーケンシング

Repubblicaが引用したWashingtonPostのデータの分析によると、米国はコロナウイルスサンプルの3.6%を配列決定し、他の国と共有していることが明らかになっています。

米国は新聞を回想します。「5,000以上のサンプルをシーケンスした国の中で20位です。関連する作業ですが、科学者によると、ウイルスの主な変更に追いつくために必要な速度をまだ下回っています。

アフリカでは、ケニアだけが全体的なシーケンス率が高くなっています。

インドは、シーケンス能力を向上させましたが、サンプルの0.2%で停止し、4月には0.06%でした。

ヨーロッパでは、アイスランドが56.2%のウイルスサンプルのシーケンスでランキングをリードしています。他の好例は、英国、ドイツ、デンマークです。

そしてイタリアでは、シーケンシングはどのように進んでいますか?

ロベルトスペランツァ保健相は先週の金曜日に次のように回想しています。同じことがほとんどのヨーロッパ諸国でも起こります。私たちはそれをさらに粘り強く探し、他の国々と同様に私たちのシーケンスをさらに強化しようとします。

しかし、最近、大臣はこの慣行を強化するために地域に手紙を書きました。

しかし、現時点では、 Il Fatto Quotidiano は次のように書いています。「テスト分析の結果がアップロードされている国際データベースGisaidで入手可能なイタリアのデータは、荒廃しています。2020年1月10日以降に寄託されたSars-Cov-2の76,029シーケンスのみ「陽性スワブ全体の1.53%」。

地域のギャップ

一方、Il Sole24Oreは、ここ数週間の全国平均が5%に近づいたと報告していますが、2020年12月には2.7%でした。ただし、地域によって大きな違いが残っています。

「10月9日以降、Higher Institute of Healthが発表した最新のデータによると、研究所は平均して5%以上の陽性スワブをシーケンスしています。ロンバルディア(5.5%)、ウンブリア(8、4%)です。 )、アブルッツォ(6.5%)、モリーゼ(15.4%)、サルディニア(16.7%)」は、医療経済学の問題をしばらく追跡している唯一の24鉱石マルツィオバルトロニに書いています。

しかし、確かに全国平均を上げるこれらの例を削除しました。「他の6つの地域では、スワブシーケンスが実際に実行されていないことがわかりました。トスカーナは、プーリアのようにシーケンスされたスワブの0%、プーリアのようにピエモンテは0.1%、ベネトは0.3%、トレンティーノは0.5%です」と、経済と金融を毎日追加しています。

シーケンシングが行われる場所

Start少し前に思い出したように、イタリアでの配列決定には、一種の自発的なコンソーシアムがあります。「バリアントの分析は、IstitutoSuperiorediSanitàの調整の下で、個々の地域の研究所によって実行されます」。

トリエステ大学の遺伝学者MarcoGerdolが主張しているように、欠けているように見えるのは中央調整です。 「1月の終わりに-スタートを書いた-ウイルス学の社会は、監視コンソーシアムの誕生を発表していました。しかし、コンテII政府の危機により、プロジェクトは停滞しました。」

I-CO-GENプラットフォームとイタリアでのオミクロンの最初のケース

4月末に、SARS-CoV-2 I-Co-Genの変異体のゲノム監視のためのプラットフォームが開始されました。これは、先週の土曜日に、最初の症例の追跡につながるいくつかの変異の存在を特定したのと同じです。イタリアのオミクロン変異体。

ゲノムは、ミラノのサッコ病院の臨床微生物学、ウイルス学、および生物緊急診断研究所で、モザンビークの被験者からの陽性サンプルから配列決定されました。

新しいスパランツァーニタスクフォース

「シーケンシングは基本的なものであり、イタリアではこれを続けています。これにより、ウイルスを追跡し、複雑な状況を管理することができます。最近、ローマのスパランツァーニに新しいタスクフォースが開設されました。私たちはすべてのエネルギーをシーケンスに投入しています」とアンドレアコスタ保健次官は述べています。 「ウイルスのマッピングが可能になります[シーケンスされた正綿棒の] 5%に上がるための勧告がありました。私たちはそれを奨励し、増やす必要があります。新しい変種に直面すると、それは基本的なものになります」。

良いがあまり良くない

バーリ大学の分子生物学の教授であり、国際シーケンシングプロジェクトのイタリア支部のコーディネーターであるGraziano Pesoleは、 Sole24Oreに次のように語っています。そして、素晴らしい仕事をしているが、力が限られている研究所の動物予防学」。

ガードルが4月に主張したことは、実際、ビジネス新聞が指摘しているように、聞いたことのないままだったようです。シーケンシングのための全国的なネットワークの話は長い間ありました。 「そして、それぞれが以前と同じスタッフと同じIT機器を使用し、実際の強力な全国的調整なしに、可能な限り前進している」と今でも追跡しています。


これは、Tue, 30 Nov 2021 08:56:45 +0000 の https://www.startmag.it/sanita/varianti-sars-cov-2-a-che-punto-e-il-sequenziamento-in-italia-numeri-problemi-e-regioni-piu-o-meno-virtuose/Start Magazine に公開された記事の自動翻訳です。